จักรยานไฟฟ้าถูกจัดเป็นยานพาหนะที่ไม่มีการปล่อยก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ เนื่องจากไม่มีการสันดาปเกิดขึ้น ผลของสิ่งแวดล้อมจากการสร้างพลังงานไฟฟ้าและการกระจายพลังงานไฟฟ้าของผู้ผลิตและการกำจัดแบตเตอร์รี่ จะต้องพิจารณาถึงด้วยเช่นกัน แต่ถึงแม้นจะพิจารณาประเด็นเหล่านี้จักรยานไฟฟ้าก็ยังมีผลกระทบทางสิ่งแวดล้อมน้อยกว่ารถยนต์ มอเตอร์ไซค์ และทำให้สิ่งแวดล้อมดีเหมือนอย่างในชนบท แบตเตอร์รี่ของจักรยานไฟฟ้าเหมือนแบตเตอร์รี่ของรถที่มีขนาดใหญ่กว่า แต่การใช้ชาร์จจักรยานไฟฟ้าสามารถชาร์จผ่านแผงพลังงานแสงอาทิตย์ บริษัทซันโยพัฒนาจุดจอดรถเพื่อชาร์จไฟฟ้าให้กับรถยนต์รวมไปถึงจักรยานด้วยเช่นกัน

หนังสือรับรองสิ่งแวดล้อมของจักรยานไฟฟ้าและจักรยานไฟฟ้าที่ใช้ร่วมกับแรงคน ออกโดยหน่วยงานท้องถิ่น เช่น Little Rock และ Arkansas ร่วมกับผู้ผลิตจักรยานต่างๆ ผู้ผลิตจักรยานในประเทศจีน เช่น Xinri ได้ร่วมมือกับมหาวิทยาลัยในการพัฒนาเทคโนดลยีในการผลิตกับมาตรฐานสิ่งแวดล้อมนานาชาติ โดยได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลจีนผู้ต้องการเพิ่มศักยภาพทางด้านการส่งออกของผู้ผลิตจักรยานจีน

การศึกษาเมื่อไม่นานมานี้ต่อผลกระทบสิ่งแวดล้อมของจักรยานไฟฟ้าต่อรูปแบบการขนส่งที่พบในจักรยานไฟฟ้า มีการเปรียบเทียบการประสิทธิภาพการใช้พลังงานไฟฟ้าของจักรยานไฟฟ้า เทียบกับ SUV รถซีดาน และรถไฟ พบว่ามีประสิทธิภาพการใช้พลังงานสูงมากหรือใช้ปริมาณพลังงานน้อยกว่ามากและมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมเท่ากับจักรยานแบบทั่วไป